近年来，南京高科坚持党对国有企业的领导，坚持按现代企业制度经营，深化改革，以高质量党建引领企业高质量发展，切实将提升工作质量和优化公司治理水平等工作高度结合，取得了显著成效。在党建的引领作用下，公司有效落实发展规划，克服外部挑战，积极把握区域建设以及市场深化改革的机遇，各项经营指标保持了稳健发展的良好态势，净利润连续19年增长。
2021年初，党委研究制定了公司《党委会议事规则》，进一步明确了须由党委会进行前置研究的重大事项，将坚持党的领导与公司治理深度融合，把党组织意见有效融入决策体系。公司经理层多数为党委委员，“双向进入、交叉任职”领导体制切实把党的领导融入公司治理各环节，把党组织内嵌到公司治理结构之中。通过完善制度配套、明晰权责边界，打造各司其职、各负其责、协调运转、有效制衡的公司治理机制，公司党委在优化经营思路、推进产业布局、风险防化、干部管理等重要经营管理工作中，靠前作为、主动担当，切实发挥好把方向、管大局、保落实的领导作用，促进公司稳健可持续发展。
南京高科坚持打造学习型党组织，深化对党史等日常性学习教育，持续开展红色现场学教、党史知识竞赛、案例警示教育等主题活动，提升党员的宗旨意识和组织观念。公司党委设立了党建文化阅读室，构筑党建知识宣传墙，让红色元素成为推动日常工作的精神动能。
公司始终坚持党管干部、党管人才原则，深入贯彻新时代党的组织路线，持续强化基层公司班子建设，配备了年富力强的干部队伍；推动党建工作扎根企业一线，抓党建与生产经营融合化，不断提升发展推动力，促进业务发展。
党委委员挂钩基层公司，深入一线办实事、解难事，加大对困难员工的慰问关怀，切实增强员工的归属感和内生认同。近5年来，在党委领导部署下，公司在抗疫防疫、脱贫攻坚、爱心慈善等公益事业中累计捐款八百余万元。
